PCR Array 介绍

      QIAGEN 的PCR Array 可以被称为功能分类芯片或PCR 列阵，它结合了实时定量PCR 技术灵敏可靠的优势以及微列阵技术同时检测多种基因表达量的优势，是分析信号通路或某生物学功能相关基因表达状态的选择工具。PCR Array 使用荧光定量PCR 的方法在一张96 孔或384 孔板上同时对某个信号通路或某生物学功能相关的84 个重要基因的表达量变化进行检测的，它完全克服了常规杂交芯片假阳性率高及海量数据难于有效分析的缺陷，使用方便，只需定量PCR 仪就可以进行该实验，且有配套的在线数据分析程序。

1. PCR Array 的实验目的？

主要用于检测某信号通路或生物学功能相关的一系列重要基因的表达量变化，从而发现变化比较明显的标志性基因。

2. PCR Array 带来的便利？

a．即用，免去了复杂的引物设计和实验条件的摸索过程。

b．可以直接了解在某信号通路或某疾病中重要的基因，而不再需要检索和阅读大量的文献和进行前期实验的验证。

c．实验所得到的数据，可以很方便的进行在线分析，得到的数据分析图可以直接用于发表的文章。

3. PCR Array 的实验流程？

整个实验流程非常简洁，便于操作。

a．从样本中提取总RNA。（推荐使用QIAGEN 的RNeasy Mini Kits 和RNase Free DNase Set）

b．将RNA 反转录为cDNA。（需要使用与PCR Array 相配套的RT2 First Strand Kit）

c．配置PCR 的反应体系。（需要使用与PCR Array 相配套的RT2 SYBR Green Master mixes）

d．进行Real-Time PCR 实验。（需要使用推荐的参数设置）

e．数据分析。（有免费的在线分析程序）

4. PCR Array 的plate 构成？

A1 至G12 的84 个孔用于检测某信号通路或某生物学功能相关的84 个特异性基因。H1 至H5 的5 个孔用于检测5 种看家基因，在数据分析时用于校正。H6 孔是基因组DNA 对照孔(GDC)，用于检测样本中的基因组DNA 污染。H7 至H9 孔为反转录对照孔(RTC)，用于检测反转录效率。H10 至H12 孔为阳性对照孔(PPC)。

5. 为什么需要5 个看家基因？

通过研究发现并不是所有的看家基因都能在所有的细胞类型，所有的组织，所有的阶段都有恒定的表达。它们的表达量变化可能会较大，那么只使用一个看家基因作为内参，可能会导致错误的结论。因此，array 上放置了5 个看家基因，在完成实验以后，需要从中筛选出若干个真正稳定表达能够起到内参作用的看家基因做为对照。

6. 关于做重复性实验的问题？

我们推荐使用生物学重复而不是技术性重复。经过验证PCR Array 的重复性非常好，不同的操作人员使用不同的仪器在不同的时间用同样的样本做同样的Array 得到的结果重复性非常好。因此我们推荐生物学重复（每个分组中至少3 个或以上的不同样本），而不推荐技术性重复（不需要每个样本都重复3 次）。另外，plate 上RTC 和PPC 都是3 个复孔，可以用于检测操作误差。

7. RNA 的用量？

推荐的RNA 的用量是每块96 孔板上一个样本1000ng 左右的总RNA；每块384 孔板（4*96）上一个样本400ng 左右的总RNA。

8. 反应体系的大小？

96 孔板每个孔的反应体系为25ul；384 孔板每个孔的反应体系为10ul。

9. PCR Array 是否需要特殊仪器？

不需要特殊仪器，可以在任何一款常见的定量PCR 仪上使用，包括QIAGEN、ABI、Roche、Bio-Rad、Stratagene、Eppendorf、Takara、Fluidigm 等公司的定量PCR 仪。

10. PCR Array 上的基因是怎么选择的？

PCR Arrays 上基因的选择至关重要。这些被选中的基因并不仅仅是简单的包括某个信号通路中的所有基因，所选基因必须对于相应的信号转导途径相当重要，并且是在mRNA 水平上调控的。我们的研发人员及生物信息学科学家是通过阅读已发表文献或多个数据库来筛选相关的基因，然后再用文本发掘的方法进行校对，同时研发部门做了大量实验来证明所选基因的相关性。另外，我们与学术界的权威密切合作，所选的基因都经过了他们的认可。

11. PCR Array 的操作是否困难？

不困难。前期就是实验室常规的RNA 提取和反转录，后期就是体系配置和定量PCR。都是大家比较熟悉的操作。而且在RNA 提取和反转录的环节都可以加入质检步骤。

12. 是否可以定制？

可以。您可以提供您的基因列表要求定制，定制基因的数量可以在8，12，16，24，32，48，96，128，192，384 个，注意其中要包括内参基因。

13. 现有哪些物种的PCR Array？

主要是人类(Homo sapiens)，小鼠(Mus musculus)，大鼠(Rattus norvegicus)和恒河猴(Rhesus macaque)。

狗(Canis lupus familiaris)，猪(Sus scrofa)，鸡(Gallus gallus)，牛(Bos Taurus)，马(Equus ferus caballlus)，兔  (Oryctolagus cuniculus)，中国仓鼠细胞( Cricetulus griseus)，果蝇(Drosophila melanogaster)，斑马鱼(Danio rerio)等物种可提供定制。

14. PCR Array 的到货周期大概是多少？

5-6 周左右。一般会在4 周左右收到。

15. 为什么需要使用推荐的配套试剂？

a．与PCR Array 相配套的RT2 SYBR Green Master mix 就是研发部门使用的Master mix，其中的成分及各种离子的浓度是经过反复实验和验证的，能够和PCR Array 相互配合，使其发挥准确的功效。如果您正确使用该试剂，在你的反应体系中不会出现非特异性扩增，引物二聚体等干扰实验结果的现象。

b．与PCR Array 相配套的RT2 First Strand Kit 试剂也是经过反复实验和验证的，能够和PCR Array 相互配合，使其发挥准确的功效。而且在该试剂中包含有已知量的外源RNA 序列，能够用于检测体系的反转录效率。另外，在该试剂盒中包含有一个去除基因组DNA 的步骤，能够较大程度的减少基因组DNA 对于实验的影响。

c．影响PCR Array 实验的较重要因素就是RNA 的质量，因此我们推荐使用QIAGEN 的RNeasy Mini Kits，该试剂盒是目前RNA 提取方面较可靠的试剂盒。另外，为了更好的去除基因组DNA 的污染，需要进行on-column 的DNase 处理（RNase Free DNase Set）。

16. PCR Array 的质量保证？

a．在实验中所需要的每条引物，每种试剂，每个实验条件，每个操作流程，包括每个plate 的制作都是经过了严格的质检。

b．在我们的网站上，您可以查阅到1000 多篇可举文献，其中包括在Nature、

Science、PNAS 等高水平杂志上发表的文献

（http://www.sabiosciences.com/support_publication.php ）。

c．全球有1000 多个实验室（包括300 多个大学）在使用该产品，其中包括：辉瑞，罗氏，礼来，诺华，拜耳，Harvard，Yale，Stanford 等。

附：现有的pcr array 种类