Fragment Analyzer 全自动毛细管电泳系统

 

     该系统是基本荧光检测技术和毛细血管电泳仪技术发展而来的全自动DNA/RNA片段分离仪器，它采用敏感的嵌入染料以及强大的LED光源，避免了传统方法中对荧光标记引物的依赖。

 

DNA/RNA片段的分离是通过对毛细血管列阵里填充的可导电的分离胶施加高压电场，依据核酸片段长度不同在凝胶电泳中迁移速度不同的原理，来达到分离检测的目的。

 

该系统可用于DNA、RNA单/双链核酸分子（包括PCR产物、多重PCR产物、限制性酶切产物、基因组DNA、总RNA、mRNA、微卫星序列SSR等）的分离及定量。系统提供多种dsDNA分析试剂盒，用户可根据片段大小选择相应的试剂盒，可分析片段范围包括35-500bp、35-1500 bp、75-15000 bp、75-20000 bp。试剂盒最大可检测45kb长度的片段。

 

 

Fragment Analyzer TM DNA/RNA片段分析优势：

Ø 全自动 自动灌胶和上样，无需手动灌胶，避免交叉感染

Ø 高通量 高通量 标准96孔板上样，一次检测12或96个样品，最多960个样品（XL960型号）

Ø 高分辨 分辨率为2bp

Ø 高灵敏 检测最低浓度可达5pg/ul

Ø 运行快 15min内完成700bp片段分离

Ø 成本低 无需芯片，毛细管可反复利用

Ø 易操作 PROSize2.0软件直接计算出片段大小及浓度

Ø 多功能 可用于常规DNA/RNA片段、大片段DNA、基因组DNA、NGS片段、PCR产物，限制性酶切产物等的定性及定量

Ø 范围广 可分析片段范围为35-4500bp

 

 

Fragment Analyzer主要用途：

1.1 二代测序（NGS）文库的质控（定性定量）。

1.2 二代测序（NGS）基因组DNA的质控（定性定量）。

1.3 人、动物、植物基因组核酸扩增产物微卫星片段大小分析，即STR/SSR/VNTR等分析。

1.4 RNA定性定量分析。

1.5 常规DNA/RNA或扩增产物片段大小定性定量分析。

1.6 质粒DNA分析、CAPS/RAPD分析。

1.7 农业育种反向遗传学辐射或化学诱变突变体筛查，即Tilling分析。

 

 

1.1高通量NGS文库质控分析（illumina公司官方指认平台）

快速准确地将基因组DNA进行片段化是新一代测序（Next Generation Sequencing,NGS）技术中尤为关键的步骤。测序文库中DNA片段的质量好坏直接关系到测序质量高低和后期测序数据的准确性，能否快速剪切并测量酶切产物（即NGS片段）质量成为整个测序文库构建的流程瓶颈。采用新一代Fragment Analyzer系统，使得NGS片段质控更加快速、精准、高效。

 

Illumina公司于2014年全面引进由美国AATI公司生产的Fragment Analyzer高通量NGS质控分析系统作为新款基因分析仪的测序质控平台，详细见

http://www.illumina.com/techniques/sequencing/ngs-library-prep/automation.html

 

NGS选用Fragment Analyzer的理由

Ø 高通量 每天可完成1500个样品的检测

Ø 全自动 无需芯片和手动灌胶

Ø 精确度高 可检测最低浓度为5pg/ul

Ø 运行时间短 可在45min或55min内完成12或96个样品的分离

Ø 检测灵敏度高 仅需要2ul样品即可准确定量

Ø 无样品间交叉污染 每次试验后更换毛细血管中的分离胶，避免感染

Ø 强大的数据分析软件 PROSize TM 2.0软件可自动完成片段弥散分析、并输出片段大小分布和浓度数据

Ø 适用于各类NGS多个环节的检测 包括基因组DNA的质量检测、NGS片段文库的分析、接头连接检测以及文库丰富度分析

 

 

Fragment Analyzer TM 实验流程VS传统芯片检测试验流程

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

1.2 NGS中Genomic DNA质控

从组织、细胞或器官中提取基因组DNA(gDNA)是所有后续DNA分析中尤为重要的一步。迄今为止，gDNA的定量和定性均需要两种不同的仪器来完成，一种用于定性分析，另一种用于定量分析。Fragment Analyzer TM 系统，可对gDNA同时进行定性定量分析，而且样品需要量少，分析速度快。

 

Fragment Analyzer TM 的优势

Ø 拥有gDNA检测试剂盒的仪器

Ø 最大可分析45000bp长度的片段

Ø 可同时定性和定量

Ø 适用于NGS中gDNA的质控

 

1.3 高通量STR/SSR/VNTR分析（快速、高分辨率、低成本）

 

背景：传统琼脂糖凝胶电泳由于其简单、重复性好、操作简单和易清洗，一直以来受到广大实验室的普遍青睐，但事实上传统凝胶方法无法分析长度小于50bp的DNA片段。新一代Fragment Analyzer TM 高通量SSR分析系统，可以用于分析任意种类的dsDNA片段，包括普遍PCR产物，多重PCR产物以及限制性酶切产物，微卫星序列SSR等。PCR产物可直接上样，无需进行预处理。

 

Fragment Analyzer TM 系统之SSR分析系统优势

Ø 样本分析成本低

Ø 一次分离288个SSR样本

Ø 分辨率高达2bp

Ø PROSize2.0软件直接计算出片段大小及浓度

Ø 最多一次放入960个样本（10x96孔板）

Ø 配套的分析试剂盒

Ø PCR产物直接上样

Ø SSR条带信息更多，更精确

 

1.4 总RNA和mRNA质量分析

随着基因表达谱测序技术的广泛应用，对总RNA/mRNA进行高通量、快速的质量分析尤为重要。Fragment AnalyzerTM可以对总RNA 和mRNA进行质量分析，同时给出18S和28S的含量和比例。与传统RNA检测技术相比, Fragment AnalyzerTM系统更加快速、省时省力，且灵敏度高、准确，成本低。

优势及应用

Ø 适应高通量基因表达谱分析需要

Ø 总RNA/mRNA定性定量检测

Ø 计算18s和28s的量和比例

Ø 不同颜色显示,结果更直观